En cuanto al retablo del presbiterio, el original desapareció víctima de la guerra napoleónica. El actual proviene, desde el siglo pasado, del Hospital de Santa Cruz de Toledo, fundado por don Pedro González de Mendoza, Cardenal de la Santa Cruz de Jerusalén. Su autor es Francisco de Coomontes, entallador y pintor, según consta en el contrato: “el dicho retablo a de hazer, ansí la talla como la obra de pinzel”.

Las pinturas son alusivas a la historia de la invención de la Cruz por Santa Elena; a los pasos de la pasión, Caida y Descendimiento, el autor añade la del longevo padre de Judas Iscariote, encontrando para Santa Elena las tres cruces del Gólgota; asímismo, a la derecha, la de la milagrosa resurrección de un muerto al contacto de la verdadera cruz de Cristo, milagro que permitió identificarla de entre las de los otros crucificados ladrones. En las calles laterales van pinturas que representan la flagelación, el “Ecce Homo”, la Resurrección y la Bajada al Limbo. En su parte inferior, santos Doctores al centro, y Profetas del Antiguo Testamento en sus ángulos, ataviados a la usanza del tiempo. En la calle central, de arriba a abajo, un Calvario con María y Juan evangelista; una talla de San Juan, obra actual de Félix Granda, que sustituye a un conjunto con Santa Elena y la Cruz, acompañada por San Pedro y el Cardenal, orante; un relieve con la Virgen y el Niño; en lugar del original sagrario, desaparecido, un precioso retablito plateresco con la imagen de San Francisco de Asis, de la escuela de José de Mora. En las entrecalles, un apostolado pintado al óleo, con profusión de cruces de Jerusalén, armas del Cardenal, signos de la Pasión y medallones decorativos.