Conforme al estilo gótico del tiempo, la planta de la iglesia es de cruz latina, con brazos poco salientes. La nave central mide 55 metros de longitud, 12 de anchura, 20 la nave del crucero, más 30 de altitud. Está dividida en cuatro cuerpos con sus correspondientes bóvedas de crucería, abriéndose entre los pilares sendas capillas a uno y otro lado, poco entrantes, en un intento semidecorativo y funcional.

Los pilares van cubiertos por esculturas de tamaño natural, sostenidas por ménsulas y cubiertas por doseles afiligranados, referentes a santos o personajes bíblicos de no fácil identificación. Los nervios o palmas góticas de las bóvedas no se cruzan en diagonal sino transversalmente, lo que acusa influencia alemana. Apliques y florones rematan las junturas de los nervios, con un escudo central y numerosos signos de yugos y haces de flechas e iniciales coronadas de los Reyes, como si de un cielo estrellado se tratase.

Una tracería rematada con adorno vegetal recorre todo el perímetro de la nave, dividiendo los lienzos laterales en dos partes y subrayando, entre cenefas, una inscripción castellana en caracteres góticos, de derecha a izquierda, que dice así:

“ESTE MONESTERIO E IGLIA MANDARON HASER LOS MUY ESCLARESCIDOS PRINCIPES E SEÑORES DO HERNANDO E DOÑA YSABEL REY E REYNA DE CASTILLA DE LEON DE ARAGON DE CECILIA LOS CUALES SEÑORES POR BIENAVENTURADO MATRIMONIO SE IUTARO LOS DICHOS REYNOS SEYENDO EL DICHO SEÑOR Y SEÑORA Y SEÑOR NATURAL DE ARAGON Y CECILIA Y SEYENDO LA DICHA SEÑORA REYNA Y SEÑORA NATURAL DE LOS REYNOS DE CASTILLA Y DE LEON EL CUAL FUNDARON A GLIA DE NRO SEÑOR DIOS Y DE LA BIENAVENTURADA MADRE SUYA NUESTRA SEÑORA LA VIRGEN MARIA Y POR ESPECIAL DEVOCION QUE TUVIERON”.